为提升北京动物疫苗创新能力和公共服务能力，北京市科委支持中牧实业股份有限公司、乾元浩生物股份有限公司等单位实施了“兽用亚单位疫苗设计平台建设与新产品开发”课题，其成果为我国动物疫病防控提供了有效的防治手段，提升了工程技术研究中心的创新能力和公共服务能力，为北京市生物制药领域高新技术发展做出了积极贡献。

课题运用了生物信息学、结构生物学、免疫学及基因工程等新技术集成手段，开展了动物重大病原抗原表位分子的研究，获得了4106条口蹄疫病毒、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒的基因序列，形成了抗原表位基因数据库；编制了一个简便易操作的病毒抗原表位结构分析软件，建立了合成肽疫苗抗原合成与质控分析实验室、杆状病毒表达体系功能实验室，完善了1条合成肽疫苗中试生产线，形成了兽用亚单位疫苗研发、中试及评价研究平台；研制出牛口蹄疫O型、A型二价合成肽疫苗和猪圆环病毒2型合成肽疫苗，完成了新药的实验室研究和临床试验，其中“牛口蹄疫O型、A型二价合成肽疫苗”对本动物攻毒保护率达到6PD50、免疫持续期6个月的指标，“猪圆环病毒2型合成肽疫苗”免疫保护率达到85%、免疫持续期4个月的指标，提交了2个新兽药注册申请并获得受理；研制出“猪圆环病毒2型重组鞭毛蛋白亚单位疫苗（B86株）”，其攻毒保护率为85%，免疫持续期达到4个月，申请并获得了临床批件；扩建了生产能力达到1亿头份的口蹄疫合成肽疫苗生产线，新建了合成肽诊断试剂盒生产线，合成肽类产品年销售额为8400万元，利润超过2000万元。

课题获得了“牛口蹄疫O型、亚洲I型二价合成肽疫苗（多肽0501+0601）”“猪口蹄疫O型合成肽疫苗（多肽0405+0457）”等产品生产文号。