《实施意见》要求人民法院在司法裁判中应当坚持以下理念：

一是生态优先、绿色发展。深入践行绿水青山就是金山银山的发展理念，准确理解生态环境保护与经济社会发展的辩证关系，依法保护长江生态环境，保障资源合理开发利用，推进长江流域绿色发展。

二是统筹协调、系统治理。作为我国首部流域专门法律，长江保护法在实施中需要贯彻系统观念。坚持在国家长江流域协调机制统一指导、统筹协调下，开展长江保护工作。坚持自然恢复为主、自然恢复与人工修复相结合的系统治理，妥善协调长江流域上下游、左右岸、干支流的关系，推进山水林田湖草一体化保护和修复。

三是依法严惩、全面担责。落实最严格制度最严密法治，将“严”的基调贯彻到长江保护法适用的全过程、各方面，严惩重处长江流域生态环境违法犯罪行为。依法准确适用刑事、民事、行政法律，充分发挥公益诉讼和生态环境损害赔偿诉讼作用，加大责任追究力度，让受损生态环境得到全面修复，让敢于破坏长江生态环境者付出沉重代价。

《实施意见》紧紧围绕工作大局，切实强化长江生态环境司法保护，主动服务高质量发展。一是深入打好污染防治攻坚战。将水污染治理作为长江流域污染防治的重点，支持、监督行政机关依法开展水污染防治、监管等行政执法；坚持最严格水污染损害赔偿和修复标准，加大对超标排放含磷等工业污水、跨界水污染等地表水污染，以及因农业面源、固体废物非法处置等造成地下水污染的司法惩治力度，确保“一江清水向东流”。

二是提升生态系统质量和稳定性。加大生物多样性保护，依法审理长江禁捕退捕案件，确保长江十年禁渔顺利实施，扭转长江生态功能恶化和水生生物资源衰退的趋势；强化对珍贵濒危水生野生动植物栖息地、分布区等生态系统保护，确保生物种群稳定。支持行政机关依法打击非法采砂违法行为，严厉惩处非法采砂犯罪，保护长江河道；保障重大生态修复工程顺利实施，促进流域生态功能有效恢复。

三是推动长江流域高质量发展。依法运用破产重整、破产和解等司法手段，助推钢铁、石化、造纸、农药等重点行业技术设备升级和清洁化改造，促进节能减排、低碳发展。依法审理涉及长江港口、航道等水运基础设施纠纷，更大程度发挥长江黄金水道功能。妥善审理绿色金融案件，依法保障节能环保、绿色交通等领域投融资需求，促进长江流域可持续发展。