万佛山省级自然保护区建立以来，动物多样性一直缺乏专门调查。为精确摸清保护区范围内的野生动物种群数量及分布，建立野生动物物种、种群数量、分布及其生境的资源档案，掌握动物种类、生存现状及其分布情况，万佛山省级自然保护区委托安徽大学利用一年多时间，对保护区范围内的野生动物进行了全面系统的调查。

调查组采取资料收集、全面踏查、点线调查和重点样地调查相结合的方法进行调查，目前已全面完成调查工作。通过调查，较为全面的掌握保护区野生动物资源现状，尤其是珍稀濒危物种、重点保护物种的种类、分布、数量等现状，并通过历史资料比较，对野生动物多样性进行评估，深入分析物种资源变化原因，评估主要濒危物种和生态系统的受威胁状况，为科学制定保护区野生动物资源保护和利用规划提供建议和保护对策，强化了保护区野生动物资源保护和能力建设，实现野生动物长效管理。

本次调查，共记录到野生动物21目85科283种，其中两栖纲有2目9科23种，爬行纲有2目14科40种，鸟纲有11目46科185种，哺乳动物纲有6目16科35种。其中国家一级保护野生动物有安徽麝、白冠长尾雉、黄胸鵐共3种；国家二级保护野生动物有大鲵、商城肥鲵、虎班蛙、乌龟、黄缘闭壳龟、黄喉拟水鬼等共38种；安徽省重点保护野生动物有安徽树蛙、大别山原矛头蝮、鼬獾、花面狸、黄鼬、猪獾等共58种，列入国家“三有动物”名录有129种。

本次调查中最令人欣慰的结果是对安徽麝的监测结果。过去数十年间，由于非法捕猎、森林砍伐等原因，中国的野生麝类种群数量大幅减少，作为大别山区特有的物种安徽麝，其种群数量同样经历了剧烈降低，岌岌可危，安徽麝被列入了国家一级重点保护野生动物，IUCN将其列为濒危物种（EN），同时还被载入了CITES附录Ⅱ。本次调查发现安徽麝在万佛山有较大的种群数量及栖息范围，显著高于此前对周边分布区域的调查和相关报道，说明万佛山生态环境、植被和食物资源等均适宜安徽麝的栖息，且经过了长期有效保护，得以留存较大的安徽麝种群。