根据各市的细颗粒物、可吸入颗粒物、二氧化硫、二氧化氮等4项主要大气污染物平均浓度以及空气质量优良天数比例的季度同比变化情况，对环境空气质量改善的市给予生态补偿资金，环境空气质量恶化的市缴纳生态赔偿资金。对细颗粒物、可吸入颗粒物年均浓度同时达到环境空气质量二级标准的市，二氧化硫、二氧化氮年均浓度同时达到环境空气质量一级标准的市，空气质量连续两年达到环境空气质量二级标准的市，给予一次性奖励。

对市辖区内所有国控、省控考核断面进行考核，根据各市地表水环境质量同比变化情况和水质达标情况，开展地表水环境质量生态补偿。一是考核断面达到年度水质考核目标的市，给予补偿资金。二是4项水环境质量主要污染物月浓度同比改善的市，给予补偿资金；同比恶化的市，缴纳赔偿资金。三是断面水质较考核目标水质提升类别的市，给予补偿资金;有一项或多项指标月浓度劣于Ⅴ类水质标准的市，缴纳赔偿资金。四是跨市饮用水水源地出境断面水质达标的市,给予补偿资金;不达标的市,向下游所在市赔偿。

将国家重点生态功能区、省级重要水源地等纳入补助范围，主要依据人口规模、生态保护区区域面积、生态环保支出、财力缺口、财政困难程度等因素确定补偿资金规模。

对省级及以上自然保护区（含重点生态功能保护区,下同）开展生态补偿。一是综合考虑自然保护区管护面积、核心区占比等因素，确定自然保护区基本补偿资金。二是建立自然保护区问题清单并制定自然保护区赋分细则，根据赋分细则对自然保护区存在的违法违规类问题和日常管理类问题进行分类赋分，依据赋分情况和基本补偿资金确定自然保护区赔偿资金。三是设立国家级自然保护区日常管理经费。